「Remote Desktop」はデフォルトで、認証情報、キーストローク、および管理コマンドを暗号化して送信しますが、追加のセキュリティが必要な場合があります。パフォーマンスは多少低下しますが、監視と制御の全トラフィックを暗号化することができます。

暗号化は、関連するコンピュータ間の SSH トンネルを使って行われます。監視および制御タスクの暗号化を使用するためには、対象コンピュータで SSH を有効にしている必要があります（コンピュータの「共有」環境設定パネルの「リモートログイン」）。また、関連するコンピュータ間のファイアウォールを、TCP ポート 22（SSH の通常使用ポート）のトラフィックを通過させるように設定する必要があります。

制御しようとする VNC サーバが「Remote Desktop」でない場合には、「Remote Desktop」のキーストローク暗号化に対応していません。その VNC サーバを制御しようとすると、キーストロークが暗号化されていないという警告が表示されます。この VNC サーバの制御を開始するには、警告を受け入れてキーストロークを暗号化する必要があります。すべてのネットワークデータを暗号化することを選択した場合、「Remote Desktop」は VNC サーバに接続するために必要な SSH トンネルを開くことができないため、VNC サーバを制御することができなくなります。